Quando il Cheratocono è troppo evoluto o sono comparse delle opacità corneali dette leucomi tali da interferire con la visione, diviene indispensabile procedere al trapianto corneale.
L’innesto può essere Lamellare o Perforante.
In caso di innesto lamellare, non viene rimossa la cornea in tutto il suo spessore. Si pratica una separazione dei diversi strati della cornea e si sostituisce solamente la parte più esterna. A tale scopo può essere validamente utilizzato il Laser a Femtosecondi.
Il cosiddetto Trapianto perforante consiste nella rimozione completa e a tutto spessore della parte centrale della cornea del paziente, con diametri variabili da caso a caso e nella sua sostituzione con una cornea proveniente da un donatore. Circa il 10% dei trapianti perforanti eseguiti va incontro a rigetto. Il rigetto è legato al fatto che gli anticorpi del paziente riconoscono come "estranee" al proprio organismo le cellule della cornea del donatore e le aggrediscono.